Rodzicami pisarza byli zamieszkali w Rouen Achille-Cléophas Flaubert (1784–1846),naczelny lekarz (chirurg) szpitala miejskiego Hôtel-Dieu, i Anne-Justine-Caroline z domu Fleuriot (1793–1872). Starszym bratem Gustave’a był Achille (ur. 1813),a młodszą siostrą – Caroline (ur. 1824).
Flaubert próbował pisać bardzo wcześnie, bo już w wieku zaledwie 8 lat. Kształcił się początkowo w liceum im. P. Corneille'a w swoim rodzinnym mieście. Podczas letnich wakacji nad morzem w 1836 r. spotkał swą pierwszą miłość – znacznie starszą Élisę Schlesinger, długoletni ideał uczucia oraz źródło inspiracji twórczej, co znalazło odbicie w późniejszej Szkole uczuć. Po uzyskaniu bakalaureatu (1840) podjął pod naciskiem ojca studia prawnicze (1841),które miały zapewnić mu karierę adwokacką. Studia w Paryżu traktował jednak z dystansem i przerwał je po wystąpieniu objawów epilepsji. Swoją chorobę, która była w XIX wieku bardzo źle postrzegana, utrzymywał do końca życia w tajemnicy i wiedzieli o niej tylko najbliżsi przyjaciele. Pod koniec 1840 wybrał się w podróż po Pirenejach i Korsyce. Pomimo zniechęcenia stolicą, zawarł w tym okresie szereg wartościowych znajomości, m.in. z rzeźbiarzem Jamesem Pradierem, młodym literatem Maximem Du Camp oraz z samym Wiktorem Hugo.
W r. 1846 opuścił Paryż i ostatecznie porzucił studia prawnicze, poświęcając się bez reszty pisarstwu, co umożliwiał mu znaczny (pół miliona franków) spadek po ojcu, którym jednak z woli spadkodawcy zarządzała jego matka. Powrócił do Croisset w pobliżu Rouen i zamieszkał w domu matki spędzając tam resztę życia. Niekiedy tylko udawał się do Paryża i do Anglii. W latach 1846-1855 utrzymywał trwały związek ze sporo starszą, bo 34 letnią, bardzo znaną poetką-celebrytką Louise Colet; zdaniem biografów był to jedyny poważny związek miłosny w jego życiu. Odtąd bowiem ograniczał się do związków platonicznych i towarzyskich, zwłaszcza w środowisku literatów; korzystał też z usług prostytutek. Nigdy się nie ożenił. Utrzymywał jedynie bliski kontakt rodzinny ze swą siostrzenicą Caroline Commanville.
Do rewolucji 1848 r. miał stosunek krytyczny, czemu dał wyraz również w Szkole uczuć. Rok wcześniej odbył podróż po Bretanii i Normandii w towarzystwie Maxime'a Du Camp. Sporo też podróżował w latach późniejszych. Śladami wielkich nazwisk literatury francuskiej (Chateaubrianda, Lamartine'a i Nervala) odbył wspólnie z M. Du Camp podróż na Bliski Wschód (1849-52),odwiedzając Grecję, kraje Lewantu (z Jerozolimą) i Egipt, zatrzymując się nieco dłużej w Stambule oraz we Włoszech w drodze powrotnej. Sam przyznawał, iż podczas tych wojaży zadawał się z prostytutkami płci obojga, czego wynikiem były choroby weneryczne (w Bejrucie zaraził się syfilisem),z których nie wyleczył się aż do śmierci. W 1858 zainteresowany ruinami Kartaginy odwiedził francuski Tunis, gdzie zbierał materiały do swej głośnej powieści historycznej Salambo.
Słynął jako pisarz niestrudzony w pracy twórczej, którą traktował jak codzienny obowiązek, narzucając sobie w pisaniu wysokie wymagania wraz z niezwykłą precyzją oraz dyscypliną słowa; w listach do przyjaciół nierzadko uskarżał się na jej męczący charakter. Mimo to, dobrze widziany wśród socjety II Cesarstwa, okresowo odwiedzał paryskich przyjaciół z literackiego środowiska, do których należeli T. Gautier, Ch. Baudelaire, E. Zola, A. Daudet, a także I. Turgieniew i bracia Goncourt. Uczęszczał do literackich salonów paryskich, m.in. księżnej Matyldy (córki Hieronima Bonaparte i kuzynki Napoleona III) oraz George Sand, z którą przyjaźnił się i korespondował konsultując swoje pisarstwo. Na dworze przyjęty był przez cesarza Napoleona III, a w 1866 odznaczony Legią Honorową.
Lata siedemdziesiąte były trudnym okresem dla Flauberta, któremu podczas wojny francusko-pruskiej (1870) dom zajęli Prusacy i który po śmierci matki (1872) popadł w trudności finansowe, powiększone jeszcze nietrafionymi inwestycjami Ernesta Commanville'a, męża siostrzenicy. Przygnębiała go również utrata przyjaciół: między rokiem 1869 a 1876 zmarli m.in. poeta Louis Bouilhet i przedsiębiorca i podróżnik Jules Duplan, z którymi był blisko związany, a także Jules de Goncourt, dawna wieloletnia kochanka Louise Colet i ważna dla niego w późniejszym okresie życia George Sand.
W 1879 roku w towarzystwie zaproszonego Guy de Maupassanta spalił otrzymywaną przez całe życie korespondencję, w tym od matki, George Sand i Louise Colet. Kilka miesięcy później Flaubert zmarł w swoim domu w Croisset z powodu wylewu krwi do mózgu, mając jedynie lat 58.
Pochowany został w grobie rodzinnym na cmentarzu w Rouen; w pogrzebie uczestniczyli m.in. E. Zola, A. Daudet, G. de Maupassant i Edmond de Goncourt. W dawnym szpitalu Hôtel-Dieu, gdzie poza muzeum historii medycyny umieszczono także jego muzeum, w 1890 odsłonięto poświęcony mu pomnik projektu Henri Chapu.
Pisarz zadebiutował dwoma utworami młodzieńczymi o treści erotycznej: Mémoires d’un fou (1838) i Novembre (1842, przekł. Wilhelma Mitarskiego: Listopad, 1920).
Pierwszym dojrzałym dziełem Flauberta była powieść Madame Bovary (1857, przekł. polski L. Kaczyńskiej: Pani Bovary, 1878; nowy przekł. Alfreda Iwieńskiego, 1914). Autor ukazał smutne dzieje bohaterki z nieubłaganie naturalistyczną wiernością, rozmyślnym chłodem i ściśle poprawnym językiem. Powieść była krytykowana jako niemoralna, co spowodowało nawet próbę pociągnięcia autora do odpowiedzialności karnej.
Druga jego powieść – historyczna Salammbô (1862; pierwszy przekład polski Natalii Dygasińskiej pt. Córka Hamilkara, 1876) przedstawia dramatyczny epizod z dziejów dawnej Kartaginy za czasów Hamilkara Barkasa. L'éducation sentimentale (1869; przekład pol. Tadeusza Jakubowicza, 1931: Szkoła serca; później jako Szkoła uczuć) jest obrazem młodzieńczej miłości autora na tle francuskiej socjety lat 1840–1850.
Dialog Tentation de saint Antoine (1874; przekład pol. Antoniego Langego: Kuszenie św. Antoniego, 1907) jest fantastycznym utworem filozoficznym i historyczno-kulturalnym.
Ostatnim ukończonym dziełem Flauberta były Trois contes (1877; przekład pol. Wacława Rogowicza: Trzy opowieści, 1914; nowy przekład Renaty Lis i Jarosława Marka Rymkiewicza: Trzy baśnie, 2009). Pierwsza opowieść przedstawia historię życia służącej, druga żywot św. Juliana Szpitalnika, a trzecia zdarzenia na dworze Heroda.
Pośmiertnie w roku 1881 wydano nieukończoną satyrę Bouvard et Pécuchet (przekł. Wacława Rogowicza Bouvard i Pécuchet, 1950),skierowaną przeciwko ludzkiej głupocie i podejmującą m.in. problem pisarstwa historycznego.
Nieobca mu była również twórczość dramatyczna, a najbardziej znanym utworem z tego zakresu jest Kandydat. Ostatnie wydanie zbiorowe jego dzieł to Oeuvres complètes illustrées (Edition du centenaire, 1921–1925, 15 tomów, w tym 4-tomowy zbiór listów: Correspondance).
Flaubert propagował hasło „sztuka dla sztuki” i dążył do najwyższej doskonałości formy przy możliwie największym obiektywizmie opisu.
Autorami najważniejszych studiów o Flaubercie byli E. Faguet (IV wyd. 1919) oraz A. Thibaudet (1922).
[...] czyż może być coś milszego, jak siedzieć z książką wieczorem przy kominku, podczas gdy wiatr buje w szyby, a w pokoju pali się lampa?
...
[...] czyż może być coś milszego, jak siedzieć z książką wieczorem przy kominku, podczas gdy wiatr buje w szyby, a w pokoju pali się lampa?
[...]
Nie myśli się wówczas o niczym [...] i tak mijają godziny. Nie ruszając się z miejsca człowiek przechadza się po krajach, które widzi oczyma duszy, i fantazja wplatając się w baśń igra ze szczegółami lub biegnie za głównym wątkiem. I zdaje się nam, że sami jestesmy bohaterami tych opowieści, że pod ich szatą biją nasze serca.
Czyż nie wie pani, że istnieją dusze wiecznie udręczone? Potrzebują kolejno marzeń i czynów, najczystszych uczuć i najdzikszych namiętności ...
Czyż nie wie pani, że istnieją dusze wiecznie udręczone? Potrzebują kolejno marzeń i czynów, najczystszych uczuć i najdzikszych namiętności i tak popełniają wszelkiego rodzaju wybryki i szaleństwa.
Zestarzała się okropnie. Z perspektywy człowieka współczesnego, ta książka to naiwna opowiastka o nastolatce o wybujałych marzeniach, której w bananowym świecie poprzewracało się w dupie. Większość męskich bohaterów również nie wykracza inelektualnie i emocjonalnie poza granice nastoletnich przemyśleń.
Mimo to została napisana barwnym językiem i przez to, że ma już swoje lata, faktycznie mogła budzić zupełnie inne emocje u ludzi współcześnie ją czytająych. Dlatego też średnia, a nie niska ocena.
Zimno, zimniej, Flaubert. Parandowski zachwycał się jego krystalicznym stylem i faktycznie – struktura jest tak dopracowana, że bardziej się nie da, a tak przynajmniej twierdza autorzy niniejszego przekładu (Lis i Rymkiewicz). Temperatura tej prozy to też temperatura kryształu. Ale wystarczy poobracać go w dłoniach a oczy zaczną nam łzawić. Zmęczone w zachwycie grą świateł wewnątrz tej geometyrycznej struktury. Trzy różne opowieści, które pozornie nic nie łączy. Lecz śmierć wszystko połączy. I wszystkich: służącą Félicité, Julian Szpitalnika i Herodiadę. I nas. Rymkiewicz wspomina we wstępie o widmach istnienia. Można odwrócić to i zapytać co w istnieniu jest bardziej realne, życie czy śmierć? I w baśni i w realnym świecie. Jeśli rzeczywiście jest między nimi różnica.