Aprovechando que el monarca asirio estaba comprometido junto al grueso de sus fuerzas en el oeste, el tenaz rey babilonio Merodac-Baladán reapareció y volvió a alzar en armas al sur de Mesopotamia.
Negándose a adoptar el título de shakkanakku ("virrey"), a fin de satisfacer al clero de Marduk y halagar el orgullo de los babilonios, Senaquerib se proclamó Rey de Babilonia, sin molestarse en adoptar un segundo nombre real babilonio o prodigarse en obsequios al Marduk y sus poderosos sacerdotes.
Pero de las muchas versiones mesopotámicas que hay de este relato, existe una, la Atrahasis (inuma ilû awîlum en babilonio) que sí nos narra dichas causas.
Tras someter de nuevo toda la Baja Mesopotamia al dominio asirio, esclavizando a los rebeldes, Senaquerib instaló en el trono a un nuevo rey-títere, el potentado babilonio Bel-ibni, educado en la Corte asiria.
Incluso ofreció a los judíos del Imperio sasánida un magnífico caballo, por si llegara el Mesías, de quien se pensaba que llegaría a lomos de un burro o una mula. Sapor II, cuya madre era judía, conservó una amistad parecida con el rabino babilonio Raba.
Asimismo, Sapor trabó amistad con un rabino judío babilonio llamado Samuel, una amistad que fue ventajosa para la comunidad judía, ya que les dio un respiro frente a las opresivas leyes dictadas hasta entonces contra ella.
El historiador judío del siglo I, Flavio Josefo, citaba al babilonio Beroso, cuando escribía: Las inscripciones de Senaquerib no mencionan nada respecto a este desastre, pero en vista del tono jactancioso que domina habitualmente las inscripciones de los soberanos asirios, difícilmente cabría esperar que Senaquerib registrara tal derrota.
240 Y tampoco las corrientes, las agraciadas con riberas distantes por su lugar, seguras permanecen: en mitad de sus ondas el Tanais humeó, y también el viejo Peneo y el teutranteo Caíco y el veloz Ismeno con el fegíaco Erimanto y el que habría de arder de nuevo, el Janto, y el dorado Licormas 245 y el que juega, el Meandro, en sus recurvadas ondas, y el migdonio Melas y el tenario Eurotas. Ardió también el Eufrates babilonio, ardió el Orontes y el Termodonte raudo y el Ganges y el Fasis y el Histro.
Josefo y Filón creen las almas materiales; sus doctores admitieron ángeles corporales, y en su mansión en Babilonia dieron a estos ángeles los nombres que les daban los Caldeos; Miguel, Gabriel, Rafael, Uriel. El nombre de Satanás es babilonio, y en cierta manera es el Arimánes de Zoroastro.
Para la conquista de Babilonia, Ciro tuvo el sustancial apoyo del sacerdocio babilonio, que estaba enfrentado con Nabonido a causa de sus reformas religiosas.
Este pacto sólo duró unos pocos años; después, Babilonia y Asiria nuevamente en guerra, el rey babilonio acabó suicidándose en el año 648 a.
Además de «rey de Anshan» (muy usual) y «rey de Persia», Ciro asume los títulos de «rey del Mundo» y de «rey de los cuatro extremos de la Tierra», ambos de origen babilonio, así como «rey de Babilonia» y el arcaizante «rey de Súmer y Acad».