Después de la Guerra Civil, bajo la dictadura de Franco el Estado volvió a ser confesional, identificándose con el término nacionalcatolicismo.
El proceso de secularización de la sociedad española es cada vez mayor y se acerca a la media europea, mientras que los poderes públicos y una mayoría de los políticos siguen anclados en una confesionalidad más cercana al nacionalcatolicismo, que a los procesos democráticos laicos que una mayoría de la sociedad demanda.
El régimen de Franco en España tuvo el nacionalcatolicismo como parte de su ideología y ha sido descrito por algunos como un fascismo clerical, especialmente tras el declive de influencia de los fascistas más seculares de la Falange desde finales de la Segunda Guerra Mundial.
No obstante, la mayor parte de los movimientos y regímenes fascistas de la Europa de entreguerras, entre los que puede contarse el nacionalcatolicismo del franquismo español, responden más al modelo de fascismo clerical definido por Hugh Trevor-Roper.
Aunque también la imposición de monarquías o estados totalitarios han fomentado en ocasiones la persecución o ataque a minorías religiosas como a los judíos, o a los cristianos en el Japón Tokugawa, o han legitimado su poder en la religión, como la dictadura del General Francisco Franco y su nacionalcatolicismo.
Aunque el racismo de las derechas españolas era blanco, misionero y cristiano (uno de los componentes del llamado nacionalcatolicismo y que Trevor-Roper equipara al fascismo clerical), hubo más de un intento de conciliarlo con el racismo ario nazi.
Su hijo Antonio mostró una precoz vocación por el conocimiento: Al retornar la familia a España, Escohotado experimentó el abrupto contraste entre el paraíso tropical de su primera infancia y la gris y severa sociedad del nacionalcatolicismo, lo que le llevó a forjar un espíritu de rebeldía excitado por el autoritarismo y la represión sexual.
Finalmente los llamados neocatólicos afirmaban que era Europa la que se había desviado del buen camino por culpa de la Reforma protestante, que los había desviado de la unidad espiritual de la Cristiandad, a través de la indiferencia religiosa. Esta línea de pensamiento abocaría en el nacionalcatolicismo de la dictadura franquista, su expresión más consumada.
Luego siguieron los hogares profesionales y de estudios superiores y las residencias separadas por sexos para recibir la educación adecuada al ideario del nacionalcatolicismo.
Con el tiempo las presiones de la Iglesia obraron efecto y finalmente, con la aprobación de Ramón Serrano Suñer, se constituyó un Consejo Superior de Beneficencia y Obras Sociales con la presencia obligada de dos obispos, que se reunió por primera vez el 10 de agosto de 1938, siendo uno de ellos monseñor Plá y Deniel. Resultaba necesario introducir en Auxilio Social el espíritu del nacionalcatolicismo.
Hizo profesión de fe, aceptado el pensamiento religioso llamado nacionalcatolicismo, por lo cual se le vio en misa y recibiendo los sacramentos.
La regulación estatal de la enseñanza primaria y media hubo de esperar a la Ley Moyano, desarrollada en la segunda mitad del siglo XIX, aunque no se hicieron esfuerzos suficientes por generalizar la escolarización hasta la Segunda República Española, que procuró restringir la influencia de los religiosos, triunfante de nuevo con el nacionalcatolicismo posterior.