Prowadzony przez ambitną i błyskotliwą agentkę specjalną Jane Tennant elitarny zespół NCIS w Pearl Harbor na Hawajach, w skład którego wchodzą: Kai Holman, Ernie Malik, Jesse Boone, Lucy Tara i Kate Whistler, prowadzi śledztwa w sprawach z udziałem wojskowych oraz dotyczących zagrożenia bezpieczeństwa narodowego. Pomagają im wykwalifikowani specjaliści i lokalni mieszkańcy.

Gdy żołnierz Marines zostaje zamordowany podczas szkolenia na głównej wyspie Hawajów, zespół NCIS podąża za śladami podejrzanego w głąb lasu i odkrywa przerażającą tajemnicę.

Kiedy żona żołnierza Marines zostaje uprowadzona dla okupu, załoga NCIS odkrywa kolejne mroczne sekrety, próbując namierzyć porywacza, zanim będzie za późno. Tymczasem Sam prosi Erniego o pomoc w odkodowaniu programu komputerowego, który może być śmiertelnie groźny.