Chodziło o spółkę akcyjną, która wybrała opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek, zwanym potocznie „estońskim CIT”. W roku podatkowym trwającym od 1 grudnia 2021 r. do 30 listopada 2022 r. wynajmowała ona od podmiotu powiązanego nieruchomość, a wartość transakcji przekroczyła 2 mln zł. W tym czasie spółka była opodatkowana estońskim CIT, przy czym ten okres zakończyła stratą netto w rozumieniu przepisów o rachunkowości. Nie miała więc zysku, który w razie jego podziału lub dystrybucji mógłby podlegać opodatkowaniu ryczałtem od dochodów spółek.
Spółka była zdania, że nie ma obowiązku sporządzenia dokumentacji cen transferowych. Tłumaczyła, że zgodnie z art. 11n pkt 3 ustawy o CIT są z niego zwolnione transakcje kontrolowane, których wartość w całości nie stanowi trwale przychodu ani kosztu uzyskania przychodu. Podkreślała, że takie kategorie – przychodu (podatkowego) oraz kosztu jego uzyskania – nie występują u podatników opodatkowanych ryczałtem. Wybierając ryczałt, podatnik stosuje przepisy ustawy o rachunkowości m.in. dla potrzeb ustalenia podstawy opodatkowania z tytułu podzielonego zysku. Ustala ją na podstawie zysku netto, o którym mowa w rachunku zysków i strat – argumentowała spółka.
Nie zgodził się z nią dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej. W interpretacji z 17 listopada 2023 r. (sygn. 0111-KDIB1-1.4010.527.2023.1.MF) wskazał, że podatnicy ryczałtu od dochodów spółek podlegają regulacjom dotyczącym cen transferowych, które zostały określone w rozdziale 1a ustawy o CIT. W art. 11n pkt 3 tej ustawy ustawodawca nie posłużył się wprost kategorią przychodu podatkowego, o którym mowa w art. 12 ustawy o CIT, ani kategorią kosztu uzyskania przychodu w rozumieniu art. 15 ustawy o CIT. To oznacza, że obowiązek dokumentacji cen transferowych mają również podatnicy ryczałtu od dochodów spółek, ponieważ po wyborze ryczałtu od dochodów spółek ich przychody i koszty są ustalane na podstawie przepisów rachunkowych i stają się przez to również kategoriami podatkowymi – stwierdził fiskus.