Shin Megami Tensei V: Vengeance มีเส้นทางเนื้อเรื่องที่จบสมบูรณ์สองเรื่อง: เนื้อเรื่อง 'Canon of Vengeance' ใหม่ ซึ่งเล่าเรื่องราวสุดเร้าอารมณ์ของการแก้แค้น และเนื้อเรื่องเดิม 'Canon of Creation' ซึ่งเกี่ยวกับความขัดแย้งตลอดกาลระหว่างเทวดาและปีศาจที่ตัวเอกของเราต้องต่อสู้เพื่อโชคชะตาของโลกใบนี้
เมื่อสถานที่เกิดเหตุฆาตกรรมในเมืองโตเกียวยุคโมเดิร์นได้ขวางทางเดินกลับบ้านของตัวเอกของเรา การเดินออกนอกเส้นทางของเขาก็ทำให้เขาต้องถูกฝังและหมดสติไป เขาตื่นขึ้นมาในโตเกียวใหม่ แดนรกร้างที่ล่มสลายซึ่งมีชื่อว่า Da’at ก่อนปีศาจกระหายเลือดจะคร่าชีวิตไป ผู้ช่วยชีวิตเขาก็ปรากฏตัว และทั้งสองก็รวมตัวกันเป็นสิ่งมีชีวิตที่ทรงพลัง: Nahobino
ตัวเอกของเราจะต้องสร้างหนทางของตัวเองกับพลังที่เพิ่งได้มาใหม่นี้เพื่อฝ่าฟันโลกที่ลึกลับที่เต็มไปด้วยเหล่าเทพในตำนานและเหล่าปีศาจผู้ชั่วร้าย
