Shin Megami Tensei V: Vengeance sadrži dve kompletne priče: novu dramatičnu priču o osveti „Canon of Vengeance“ i originalnu „Canon of Creation“ o večnom sukobu anđela i demona, u kojoj se protagonista bori za sudbinu sveta.
Kada našeg protagonistu mesto ubistva spreči da se uobičajenim putem vrati kući u savremenom Tokiju, zaobilazni put ga vodi do pokopavanja i nesvesnog stanja. Budi se u novom Tokiju, pustoši kojom hara apokalipsa koja se sada naziva Da’at. Pre nego što mu krvožedni demoni oduzmu život, pojavljuje se spasitelj i njih dvojica se sjedinjuju kako bi postali snažno stvorenje: Nahobino.
S novopronađenom snagom, protagonista mora da prokrči sopstveni put kroz ovaj enigmatični svet prepun mističnih bogova i demonskih tirana.
