Shin Megami Tensei V: Vengeance predstavlja dve celoviti poti zgodbe: novo zgodbo »Canon of Vengeance«, dramatično zgodbo o maščevanju, in originalno zgodbo »Canon of Creation«; ki se osredotoča na večni spopad med angeli in demoni, kjer se protagonist bori za usodo sveta.
Prizor umora v sodobnem Tokiu prekine sprehod našega protagonista proti domu, zato se odpravi po drugi poti, vendar izgubi zavest in ostane zakopan. Zbudi se v novem Tokiu, pušči, ki jo je razdejala apokalipsa, imenovana Da’at. Preden se krvoločni demoni lahko polastijo njegovega življenja, se pojavi rešitev, s katerim se združita in postaneta mogočno bitje: Nahobino.
Z novimi močmi si mora protagonist izboriti lastno pot skozi skrivnostno deželo, polno božanstev in demonskih tiranov.