O jogo Shin Megami Tensei V: Vengeance apresenta duas histórias completas: o novo "Cânone da Vingança", uma história dramática de ajuste de contas; e o "Cânone da Criação" original, um conflito eterno entre anjos e demónios em que o protagonista luta pelo destino do mundo.
Um homicídio na Tóquio dos tempos modernos impede o nosso protagonista de fazer o seu habitual caminho a casa. O desvio que se vê obrigado a tomar deixa-o enterrado e inconsciente. Ao despertar numa nova Tóquio, depara-se numa terra devastada pelo apocalipse que agora se chama Da'at. Um salvador oportuno surge antes que demónios sedentos de sangue possam matar o protagonista. Ambos unem-se e transformam-se num ser poderoso: um Nahobino.
Com um poder recém-descoberto, o protagonista deverá trilhar o seu próprio caminho através dum reino enigmático repleto de divindades lendárias e tiranos demoníacos.
