Shin Megami Tensei V: Vengeance traz duas tramas completas: a nova “Cânone da Vingança”, uma dramática história de vingança, e a original “Cânone da Criação”, um eterno conflito entre anjos e demônios no qual o protagonista luta pelo destino do mundo.
Quando uma cena de assassinato na Tóquio moderna bloqueia o caminho do protagonista para casa, ele toma um desvio e acaba soterrado e inconsciente. Ele acorda em uma Tóquio diferente, devastada pelo apocalipse, agora chamada de Da'at. Antes que demônios tirem sua vida, surge um salvador e ambos se unem para assumir a forma de um ser poderoso: um Nahobino.
Com este novo poder, o protagonista precisa fazer seu próprio caminho por este reino enigmático e cheio de deidades míticas e tiranos demoníacos.
