Shin Megami Tensei V: Vengeance zawiera dwie kompletne ścieżki fabularne: nowe „Canon of Vengeance”, dramatyczną historię o zemście, oraz „Canon of Creation”, wieczny konflikt pomiędzy aniołami i demonami, w którym główna postać walczy o los świata.
Kiedy nasz główny bohater nie może się dostać do domu z powodu zbrodni we współczesnym Tokio, podczas wydłużonego spaceru trafia pod ziemię i traci przytomność. Budzi się w nowym Tokio, na pustkowiu nękanym apokalipsą zwaną Da'at. Zanim żądne krwi demony zdołają odebrać mu życie, pojawia się zbawca. Dwie postacie łączą się w jedną, potężną istotę: nahobino.
Dzięki nowoodkrytej mocy, główny bohater musi wytyczyć własną ścieżkę w tym enigmatycznym królestwie, pełnym mitycznych bóstw i demonicznych tyranów.
