Shin Megami Tensei V: Vengeance inneholder to komplette historier: den nye dramatiske hevnhistorien «Canon of Vengeance» samt den opprinnelige historien i Shin Megami Tensei V, «Canon of Creation» – en evig konflikt mellom engler og demoner, hvor hovedpersonen slåss for verdens skjebne.
Når et drap midt i moderne Tokyo kommer i veien for hovedpersonen på spaserturen hjem, etterlater en uplanlagt avstikker ham begravet og bevisstløs. Han våkner i et nytt Tokyo, en ødemark herjet av apokalypsen, nå kalt Da’at. Før blodtørstige demoner kan ta livet av ham, står en frelser frem, og de to forenes til ett mektig vesen: en Nahobino.
Med nyvunnen kraft må hovedpersonen finne sin egen vei gjennom et gåtefullt rike fylt med mystiske guddommer og demoniske tyranner.
