진·여신전생5 Vengeance는 두 가지 스토리 루트로 구성됩니다. 기존 스토리인 '창세의 여신 편'에서는 천사와 악마의 전쟁 속에서 주인공이 세계의 운명을 결정짓게 되며, 신규 스토리인 '복수의 여신 편'에서는 고통받은 이들의 복수극이 펼쳐집니다.
도쿄에 사는 주인공은 살인 사건 탓에 평소와는 다른 길로 하교를 하게 되고, 붕괴 사고에 휘말려 의식을 잃고 맙니다. 정신을 차린 주인공은 자신이 어느새 황폐해진 도쿄, '다아트'라 불리는 곳에 와 있다는 사실을 발견합니다. 피에 굶주린 악마가 목숨을 빼앗아 가려는 찰나, 조력자가 나타나 주인공을 구하고, 둘은 융합하여 강대한 나호비노로 거듭납니다.
새로운 힘과 함께, 주인공은 신화 속 신과 악마가 가득한 미지의 세계에서 자신만의 길을 개척해 나갑니다.
