Shin Megami Tensei V: Vengeance è composto da due percorsi narrativi completi: il "Canone della Vendetta", una drammatica storia di rivalsa, e il "Canone della Creazione", un eterno conflitto tra angeli e demoni in cui il protagonista combatte per il destino del mondo.
Quando una scena del crimine nella moderna Tokyo ostacola il ritorno a casa del nostro protagonista, la deviazione lo lascia sepolto e privo di sensi. Si risveglia in una nuova Tokyo, una terra desolata devastata dall'apocalisse ora chiamata Da’at. Prima che demoni assetati di sangue possano reclamare la sua vita emerge un salvatore, e i due si uniscono per diventare un essere potente: un Nahobino.
Con i nuovi poteri, il protagonista deve forgiare la propria strada attraverso questo regno enigmatico disseminato di divinità mistiche e tiranni demoniaci.
