Shin Megami Tensei V: Vengeance propose deux arcs narratifs complets : le nouveau « Canon de la vengeance », un récit dramatique de vengeance, et l'original « Canon de la création », un conflit éternel entre les anges et les démons où le protagoniste lutte pour le destin du monde.
Lorsqu'une scène de meurtre dans une Tokyo moderne bloque le chemin de retour de notre protagoniste, il se retrouve enseveli et inconscient lors du détour. Il se réveille dans une nouvelle Tokyo, un désert ravagé par l'apocalypse qu'on appelle maintenant Da'at. Avant que des démons assoiffés de sang ne puissent s'en prendre à lui, un sauveur émerge et ils s'unissent alors tous les deux pour devenir un être puissant : un Nahobino.
Armé de son nouveau pouvoir, le protagoniste doit tracer sa propre voie à travers ce royaume énigmatique rempli de divinités mythiques et de tyrans démoniaques.
