Shin Megami Tensei V: Vengeance sisältää kaksi täysin uutta tarinapolkua: uusi Canon of Vengeance kertoo dramaattisen tarinan kostosta ja alkuperäinen Canon of Creation kertoo enkelien ja demonien ikuisesta konfliktista, missä päähenkilö taistelee maailman kohtalon puolesta.
Kun murhapaikka nykypäivän Tokiossa pakottaa päähenkilömme kävelemään kotiin kiertotietä, se jättää hänet hautautuneeksi ja tajuttomaksi. Hän herää uudesta Tokiosta, maailmanlopun tuhoamasta joutomaasta, jota kutsutaan nyt Da’atiksi. Ennen kuin verenhimoinen demoni saa vietyä hänen henkensä, pelastaja ilmestyy paikalle, ja tämä kaksikko muodostaa yhdistymällä voimakkaan olennon, Nahobinon.
Uusilla voimilla varustetun päähenkilön täyty luoda oma polkunsa tässä salaperäisessä maailmassa täynnä myyttien jumalolentoja ja demonisia tyranneja.
