Shin Megami Tensei V: Vengeance enthält zwei vollständige Handlungsverläufe: das neue „Buch der Vergeltung“, eine dramatische Geschichte über Rache, und die Originalgeschichte im „Buch der Schöpfung“, über einen ewigen Konflikt zwischen Engeln und Dämonen, in dem der Protagonist um das Schicksal der Welt kämpft.
Als der übliche Heimweg unseres Protagonisten im heutigen Tokio aufgrund eines grausamen Mordes gesperrt wird, lässt ein ungeplanter Umweg ihn von Schutt begraben und ohnmächtig zurück. Er erwacht in einem völlig anderen Tokio, einem verheerten Ödland, das nun Da’at heißt. Ehe blutrünstige Dämonen sein Leben auslöschen können, erscheint überraschend ein Retter, mit dem er zu einem mächtigen Wesen verschmilzt: einem Nahobino.
Mit seinen neu erwachten Kräften muss der Protagonist seinen Weg durch Da’at finden und das rätselhafte Land voller mythischer Wesen und dämonischer Tyrannen erkunden.
