Unité spéciale de l'armée américaine, le NCIS est chargé d'enquêter sur toutes les affaires criminelles intérieures qui touchent la Navy ou les Marines.
L'équipe de Gibbs enquête sur l'explosion d'une voiture, une affaire reliée à l'agent spécial Nick Torres, disparu lors d'une mission sous couverture en Argentine six mois plus tôt. Entretemps, l'agent spécial Alexandra Quinn, professeure au Centre fédéral d'entraînement d'application de la loi, vient confronter Gibbs car il a renvoyé pas moins de huit de ses candidats, censés remplacer DiNozzo...
Pour leur premier jour au sein de l'équipe, Quinn et Torres sont chargés d'enquêter sur le cas d'un décès, survenu lors d'une réunion d'anciens élèves à Quantico. Ils découvrent que la victime, en possession d'une bombe, était en pleine dispute avec quelqu'un lorsqu'elle s'est effondrée...
Une femme, sergent chez les Marines, se jette du haut de sept étages. Tout laisse penser qu'il s'agit d'un suicide. Gibbs et ses agents commencent par interroger tous ceux qui connaissaient la défunte. Grace Confalone, psychologue, pense que Gibbs devrait envisager l'hypothèse d'un meurtre...
Une navigatrice de la Navy est assassinée durant une croisière ouverte aux membres de familles de Marines. Gibbs et Palmer se rendent sur le navire pour y trouver des indices, tandis que Torres, McGee et Bishop restent dans les locaux du NCIS. McGee cherche le bon moment pour demander Delilah en mariage...
L'agent des services secrets britanniques Clayton Reeves contacte le NCIS lorsqu'un de ses hommes disparaît dans un endroit de Philadelphie, où le corps d'un matelot est découvert. Envoyée sur place avec Bishop, Quinn doit faire face à un traumatisme de son passé, qui l'a fait quitter le service actif...
Gibbs reçoit un appel au sujet d'une femme, quartier-maître, portée disparue. Il semble que ses empreintes aient été relevées sur les lieux d'un crime. Les indices recueillis permettent à Gibbs de penser que la jeune femme a été enlevée, mais qu'elle est parvenue à tuer son agresseur et à prendre la fuite...
Alors qu'ils tentent d'innocenter un ex-Marine dans une affaire de meurtre, les agents du NCIS rompent toutes les règles de procédure. Ils viennent en effet d'apprendre que l'homme est recherché par les services d'immigration. Ils tentent d'en savoir plus sur son passé et s'interrogent sur ses derniers agissements...
Gibbs et son équipe sont envoyés à Gitmo, où un aumônier de la Navy a trouvé la mort dans un accident de voiture. Ducky leur apprend qu'il ne s'agit pas d'un accident, car le malheureux est décédé depuis plusieurs heures. Les policiers tentent de reconstituer l'emploi du temps de la victime avant sa mort...
Le NCIS enquête sur le meurtre d'un capitaine de la Navy, qui était soupçonné d'avoir vendu des secrets militaires. Une adresse mène les enquêteurs à la maison où Ducky vivait avec sa mère. Pour trouver une explication, Ducky se remémore un événement décisif survenu quarante ans plus tôt...